VU bioinformatikų sukurtiems modeliams pasaulyje nebuvo lygių

Publikuota: 2017 m. sausio 11 d. trečiadienis

VU Gyvybės mokslų centro bioinformatikai triumfavo pernai vykusiame konkurse CAPRI (angl. Critical Assessment of Predicted Interactions). Lietuvių sukurti baltymų struktūrų modeliai nurungė daugiau nei 30 komandų iš viso pasaulio modelius. Tai jau antrasis kartas, kai VU atstovai skina pergales analogiškame konkurse. Šiemet komandą sudarė dr. Justas Dapkūnas, doktorantas Klimentas Olechnovičius ir dr. Česlovas Venclovas (vadovas).

„Baltymų, jų kompleksų struktūrų analizė ir modeliavimas yra viena pagrindinių mūsų veiklos krypčių. Ankstesnio Biotechnologijos instituto Bioinformatikos skyriuje buvo sukurta keletas naujų kompiuterinių metodų, kuriuos CAPRI konkurse tikėjomės nuodugniai ištestuoti. Jo rezultatai pristatyti gruodžio 10–13 d. tarptautinėje konferencijoje Italijoje. Ši konferencija mūsų komandai tapo maloniu netikėtumu. Oficialiais CAPRI organizatorių vertinimais, mūsų komandos gauti baltymų komplekso modeliavimo rezultatai buvo geriausi. Šis tarptautinis įvertinimas suteikia papildomos motyvacijos siekti naujų mokslo aukštumų“, – džiaugiasi dr. Č. Venclovas.

VU bioinformatikai pasakoja, kad baltymai yra gyvybės pagrindas, nes dalyvauja kone visuose biologiniuose procesuose. Dauguma baltymų ląstelėje susirenka į unikalias trimates struktūras priklausomai nuo to, kokios aminorūgštys sudaro baltymą ir kokia seka jos sujungtos. Trimatė struktūra ir yra funkcinė baltymo forma: „Tačiau dauguma baltymų funkcionuoja ne kaip pavienės makromolekulės, o sąveikaudami tarpusavyje ir sudarydami laikinus ar ilgai gyvuojančius baltymų kompleksus. Norint suprasti baltymų veikimo mechanizmus, būtina žinoti, kaip baltymai sąveikauja tarpusavyje. Eksperimentais nustatyti baltymų kompleksų struktūras sudėtinga ir brangu, todėl patrauklia alternatyva tampa kompiuterinis kompleksų struktūrų modeliavimas.“

Šios alternatyvos sėkmė priklauso nuo kompiuterinių metodų efektyvumo. Jų sukuriama daug, tačiau dažnai juos sunku palyginti tarpusavyje ir išryškinti bendrus privalumus ar trūkumus. Todėl 2001 m. mokslininkų bendruomenėje kilo idėja organizuoti viso pasaulio mastu vykdomus eksperimentus-konkursus. Vienas tokių – CAPRI. Juo ir kitais panašiais konkursais siekiama objektyviai palyginti esamus metodus ir taip prisidėti prie struktūrinės bioinformatikos pažangos.

„Siekiant objektyvumo, CAPRI konkursai vyksta pagal aklą testavimą. Dalyviai turi sumodeliuoti baltymų kompleksus, kurių struktūros jau žinomos, bet dar nepaviešintos. Organizatoriai įvertina visų dalyvaujančių grupių rezultatus pagal tam tikrą metodiką, o rezultatai aptariami apibendrinančioje konferencijoje. 2016 m. vasarą CAPRI jau antrą kartą vyko kartu su kitu panašiu CASP konkursu, kurio pagrindinis tikslas – įvertinti individualių baltymų struktūrų kompiuterinius modeliavimo metodus“, – paaiškina VU komandos vadovas.

Šaltinis: vu.lt
Kopijuoti, platinti, skelbti bet kokią portalo penki.lt informaciją be raštiško redakcijos sutikimo draudžiama.

facebook komentarai

Naujas komentaras

   

 


Captcha
 

susiję straipsniai

VU fizikai atrado naują būdą sąveikai tarp atomų tirti

Vilniaus universiteto Teorinės fizikos ir astronomijos instituto vyriausieji mokslo darbuotojai Julius Ruseckas ir Gediminas Juzeliūnas kartu su Taivano nacionalinio Tsing Hua universiteto profesoriumi Ite Yu pasiūlė naują būdą tirti sąveikai tarp vadinamųjų Rydbergo atomų juos p... skaityti »

Vilnius siekia tapti pasaulio knygų sostine

Vilniuje vykstančioje knygų mugėje sostinės meras pareiškė, kad Vilnius yra labiausiai skaitantis miestas. skaityti »

Tato ir Pato – paroda, kurioje viską reikia liesti

Nacionalinėje bibliotekoje duris atverianti estų dizainerės Mae Kivilo kurta interaktyvi ekspozicija – rojus vaikams, kuriems knieti viską patikrinti ir pačiupinėti. skaityti »

Paskelbti „Metų knygos rinkimai 2016“ nugalėtojai

Vilniaus knygų mugėje bus apdovanoti „Metų knygos rinkimai 2016“ nugalėtojai, kurių knygos pripažintos geriausiomis suaugusiųjų, poezijos ir knygų vaikams kategorijose. skaityti »

VU fizikai atrado naują būdą sąveikai tarp atomų tirti

Vilniaus universiteto Teorinės fizikos ir astronomijos instituto vyriausieji mokslo darbuotojai Julius Ruseckas ir Gediminas Juzeliūnas kartu su Taivano nacionalinio Tsing Hua universiteto profesoriumi Ite Yu pasiūlė naują būdą tirti sąveikai tarp vadinamųjų Rydbergo atomų juos paveikus šviesos pluoštais. skaityti »

Bus ruošiama nacionalinė mokytojų rengimo koncepcija

Švietimo ir mokslo ministerijoje aptarti šiuo metu akademinėje aplinkoje bei švietimo visuomenėje diskutuojami siūlymai dėl mokytojų rengimo koncepcijos nuostatų ir nutarta rengti nacionalinę mokytojų rengimo koncepciją. skaityti »

Konferencijoje „The Coins 2017“ - nuo nanotechnologijų iki vėžio gydymo

Jau dvyliktą kartą Vilniaus universiteto Studentų atstovybės Gyvybės mokslų centre (VU SA GMC) organizuojamame renginyje daugiausia dėmesio bus skiriama nanotechnologijoms, gyvybės mokslams medicinoje ir sintetinei biologijai. skaityti »

SMK pristatė naujausią nacionalinio masto iniciatyvą Lietuvos jaunimui „Kūrėjų karta“

Tarptautinėje mokymosi, žinių ir karjeros planavimo parodoje „Studijos 2017“ SMK pristatė naujausią nacionalinio masto iniciatyvą Lietuvos jaunimui „Kūrėjų karta“. skaityti »

Ekspertai: Lietuvos mokslo taryba diskriminuoja socialinius mokslus

Lietuvos mokslo tarybos (LMT) keliami reikalavimai eliminuoja šalies socialinių mokslų atstovus iš mokslo tyrimų finansavimo. skaityti »

KTU studijų prorektorė J. Šiugždinienė: konkuruodami tarpusavyje, pralaimime kovą tarptautinėje aukštojo mokslo erdvėje

Jau visi pavargo nuo diskusijų apie universitetų susijungimus – belieka laukti Vyriausybės politinės valios kuo greičiau priimti racionalius sprendimus. skaityti »

Didžiausioje Lietuvos mokslinių tyrimų įstaigoje tobulinamas atominių jėgų mikroskopas

Fizinių ir technologijos mokslų centro (FTMC) mokslininkai sukūrė unikalų būdą didesne sparta gauti atominių jėgų mikroskopo vaizdus. skaityti »