VU bioinformatikų sukurtiems modeliams pasaulyje nebuvo lygių

Publikuota: 2017 m. sausio 11 d. trečiadienis

VU Gyvybės mokslų centro bioinformatikai triumfavo pernai vykusiame konkurse CAPRI (angl. Critical Assessment of Predicted Interactions). Lietuvių sukurti baltymų struktūrų modeliai nurungė daugiau nei 30 komandų iš viso pasaulio modelius. Tai jau antrasis kartas, kai VU atstovai skina pergales analogiškame konkurse. Šiemet komandą sudarė dr. Justas Dapkūnas, doktorantas Klimentas Olechnovičius ir dr. Česlovas Venclovas (vadovas).

„Baltymų, jų kompleksų struktūrų analizė ir modeliavimas yra viena pagrindinių mūsų veiklos krypčių. Ankstesnio Biotechnologijos instituto Bioinformatikos skyriuje buvo sukurta keletas naujų kompiuterinių metodų, kuriuos CAPRI konkurse tikėjomės nuodugniai ištestuoti. Jo rezultatai pristatyti gruodžio 10–13 d. tarptautinėje konferencijoje Italijoje. Ši konferencija mūsų komandai tapo maloniu netikėtumu. Oficialiais CAPRI organizatorių vertinimais, mūsų komandos gauti baltymų komplekso modeliavimo rezultatai buvo geriausi. Šis tarptautinis įvertinimas suteikia papildomos motyvacijos siekti naujų mokslo aukštumų“, – džiaugiasi dr. Č. Venclovas.

VU bioinformatikai pasakoja, kad baltymai yra gyvybės pagrindas, nes dalyvauja kone visuose biologiniuose procesuose. Dauguma baltymų ląstelėje susirenka į unikalias trimates struktūras priklausomai nuo to, kokios aminorūgštys sudaro baltymą ir kokia seka jos sujungtos. Trimatė struktūra ir yra funkcinė baltymo forma: „Tačiau dauguma baltymų funkcionuoja ne kaip pavienės makromolekulės, o sąveikaudami tarpusavyje ir sudarydami laikinus ar ilgai gyvuojančius baltymų kompleksus. Norint suprasti baltymų veikimo mechanizmus, būtina žinoti, kaip baltymai sąveikauja tarpusavyje. Eksperimentais nustatyti baltymų kompleksų struktūras sudėtinga ir brangu, todėl patrauklia alternatyva tampa kompiuterinis kompleksų struktūrų modeliavimas.“

Šios alternatyvos sėkmė priklauso nuo kompiuterinių metodų efektyvumo. Jų sukuriama daug, tačiau dažnai juos sunku palyginti tarpusavyje ir išryškinti bendrus privalumus ar trūkumus. Todėl 2001 m. mokslininkų bendruomenėje kilo idėja organizuoti viso pasaulio mastu vykdomus eksperimentus-konkursus. Vienas tokių – CAPRI. Juo ir kitais panašiais konkursais siekiama objektyviai palyginti esamus metodus ir taip prisidėti prie struktūrinės bioinformatikos pažangos.

„Siekiant objektyvumo, CAPRI konkursai vyksta pagal aklą testavimą. Dalyviai turi sumodeliuoti baltymų kompleksus, kurių struktūros jau žinomos, bet dar nepaviešintos. Organizatoriai įvertina visų dalyvaujančių grupių rezultatus pagal tam tikrą metodiką, o rezultatai aptariami apibendrinančioje konferencijoje. 2016 m. vasarą CAPRI jau antrą kartą vyko kartu su kitu panašiu CASP konkursu, kurio pagrindinis tikslas – įvertinti individualių baltymų struktūrų kompiuterinius modeliavimo metodus“, – paaiškina VU komandos vadovas.

Šaltinis: vu.lt
Kopijuoti, platinti, skelbti bet kokią portalo penki.lt informaciją be raštiško redakcijos sutikimo draudžiama.

facebook komentarai

Naujas komentaras

     

 


Captcha
 

Mokiniai sprendžia: kas svarbiausia kuriant ateities Europos Sąjungą?

Rusijos agresija, pabėgėlių krizė, teroristiniai išpuoliai – šie klausimai aktualūs ne tik ES politikos ekspertams, bet ir mokiniams. skaityti »

MITA patvirtino finansavimą 16 naujų projektų: bus kuriamos perspektyvios technologijos

Išmani apykaklė, apsauganti nuo nuskendimo, gintaro gaminių klasifikatorius, saulės kolektorius mažaenerginiams pastatams, sveikatos dienoraštis, mobili 12V baterija, antenų sistema nanopalydovams, plataus ruožo radaro prototipas – tai tik keletą inovacijų, kurios Lietuvoje bus vystomos 2018 metais. skaityti »

Skelbiama nauja atranka į programą „Renkuosi mokyti!“

Projektas „Renkuosi mokyti – mokyklų kaitai!“ skelbia naują mokyklų ir „Renkuosi mokyti!“ mokytojų atranką. skaityti »

Planuojama pertvarkyti vaikų socializacijos centrus

Per kelis ateinančius metus planuojama iš esmės pertvarkyti vaikų socializacijos centrus, sukuriant šiuolaikiškas įstaigas, kuriose būtų stiprinami socialiniai vaikų įgūdžiai. skaityti »

Ko galėtume pasimokyti iš Suomijos švietimo sistemos?

Suomijos švietimo sistema yra dažnai pateikiama kaip pavyzdys, kuriuo turėtų sekti kiekviena valstybė. skaityti »

XXI amžiaus švietimo sistema turi remtis kūrybiškumo ir atvirumo nesėkmei idėjomis

Mokyklos šiais laikais turi diegti ne tik konkrečios srities žinias, bet ir kūrybiškumą, plačias pažiūras, smalsumą. skaityti »

Programuotojai – pradinių klasių moksleiviai?

Programavimo specialistai įsitikinę, kad mokyti programavimo vaikus būtų tikslinga jau pradinėse klasėse. skaityti »

Šiuolaikinio mokslininko portretas: griūvantys stereotipai ir galia nulemti ateitį

Šiuolaikinis mokslininkas, norėdamas sėkmingai konkuruoti savo srityje, privalo būti kūrybiškas, socialus ir nuolat ieškoti savo veiklos realizavimo galimybių. skaityti »

Tarp 50 geriausių regiono universitetų – dvi Lietuvos aukštosios mokyklos

Vėlyvą pirmadienio vakarą tarptautinio universitetų reitingo „QS World University Rankings“ sudarytojai paskelbė „Emerging Europe and Central Asia 2018“ universitetų reitingą. skaityti »

Robotai ir virtuali realybė: galimybės ar pavojus mokytojo profesijai?

Prognozuojama, kad jau netolimoje ateityje mokymosi procesas stipriai pasikeis, mat pedagogų vietą mokyklose žada pakeisti ne kas kitas, o robotai. skaityti »