VU bioinformatikų sukurtiems modeliams pasaulyje nebuvo lygių

Publikuota: 2017 m. sausio 11 d. trečiadienis

VU Gyvybės mokslų centro bioinformatikai triumfavo pernai vykusiame konkurse CAPRI (angl. Critical Assessment of Predicted Interactions). Lietuvių sukurti baltymų struktūrų modeliai nurungė daugiau nei 30 komandų iš viso pasaulio modelius. Tai jau antrasis kartas, kai VU atstovai skina pergales analogiškame konkurse. Šiemet komandą sudarė dr. Justas Dapkūnas, doktorantas Klimentas Olechnovičius ir dr. Česlovas Venclovas (vadovas).

„Baltymų, jų kompleksų struktūrų analizė ir modeliavimas yra viena pagrindinių mūsų veiklos krypčių. Ankstesnio Biotechnologijos instituto Bioinformatikos skyriuje buvo sukurta keletas naujų kompiuterinių metodų, kuriuos CAPRI konkurse tikėjomės nuodugniai ištestuoti. Jo rezultatai pristatyti gruodžio 10–13 d. tarptautinėje konferencijoje Italijoje. Ši konferencija mūsų komandai tapo maloniu netikėtumu. Oficialiais CAPRI organizatorių vertinimais, mūsų komandos gauti baltymų komplekso modeliavimo rezultatai buvo geriausi. Šis tarptautinis įvertinimas suteikia papildomos motyvacijos siekti naujų mokslo aukštumų“, – džiaugiasi dr. Č. Venclovas.

VU bioinformatikai pasakoja, kad baltymai yra gyvybės pagrindas, nes dalyvauja kone visuose biologiniuose procesuose. Dauguma baltymų ląstelėje susirenka į unikalias trimates struktūras priklausomai nuo to, kokios aminorūgštys sudaro baltymą ir kokia seka jos sujungtos. Trimatė struktūra ir yra funkcinė baltymo forma: „Tačiau dauguma baltymų funkcionuoja ne kaip pavienės makromolekulės, o sąveikaudami tarpusavyje ir sudarydami laikinus ar ilgai gyvuojančius baltymų kompleksus. Norint suprasti baltymų veikimo mechanizmus, būtina žinoti, kaip baltymai sąveikauja tarpusavyje. Eksperimentais nustatyti baltymų kompleksų struktūras sudėtinga ir brangu, todėl patrauklia alternatyva tampa kompiuterinis kompleksų struktūrų modeliavimas.“

Šios alternatyvos sėkmė priklauso nuo kompiuterinių metodų efektyvumo. Jų sukuriama daug, tačiau dažnai juos sunku palyginti tarpusavyje ir išryškinti bendrus privalumus ar trūkumus. Todėl 2001 m. mokslininkų bendruomenėje kilo idėja organizuoti viso pasaulio mastu vykdomus eksperimentus-konkursus. Vienas tokių – CAPRI. Juo ir kitais panašiais konkursais siekiama objektyviai palyginti esamus metodus ir taip prisidėti prie struktūrinės bioinformatikos pažangos.

„Siekiant objektyvumo, CAPRI konkursai vyksta pagal aklą testavimą. Dalyviai turi sumodeliuoti baltymų kompleksus, kurių struktūros jau žinomos, bet dar nepaviešintos. Organizatoriai įvertina visų dalyvaujančių grupių rezultatus pagal tam tikrą metodiką, o rezultatai aptariami apibendrinančioje konferencijoje. 2016 m. vasarą CAPRI jau antrą kartą vyko kartu su kitu panašiu CASP konkursu, kurio pagrindinis tikslas – įvertinti individualių baltymų struktūrų kompiuterinius modeliavimo metodus“, – paaiškina VU komandos vadovas.

Šaltinis: vu.lt
Kopijuoti, platinti, skelbti bet kokią portalo penki.lt informaciją be raštiško redakcijos sutikimo draudžiama.

facebook komentarai

Naujas komentaras

   

 


Captcha
 

Mokyklos dalyvaus Nacionaliniame mokinių pasiekimų patikrinime

Šiemet, prieš baigdami mokslo metus, bendrojo ugdymo mokyklų antrokai, ketvirtokai, šeštokai ir aštuntokai galės dalyvauti Nacionaliniame mokinių pasiekimų patikrinime. skaityti »

Stipriausi Lietuvos universitetai imasi atsakomybės gerinti studijų kokybę ir didinti mokslo pažangą

Keturių šalies aukštųjų mokyklų vadovai pasirašė ketinimų protokolą įkurti Universitetų pažangos konferenciją (UPK). skaityti »

Pažymiai neatspindi tikrojo mokinių talento ir jų gabumų

Siekti kuo aukštesnio įvertinimo šiandienėje švietimo sistemoje jau tapo įprasta. Dešimtukas ar kitas teigiamas pažymys, daugelio nuomone, parodo ir įprasmina vaiko gabumus bei pastangas siekiant mokslo aukštumų. skaityti »

Valstybės finansavimas mokslui bus aiškiau susietas su rezultatais

Tikslinamas mokslo ir studijų finansavimo modelis, pagal jį valstybės finansavimas mokslo institucijoms labiau priklausys nuo rezultatų. skaityti »

Mokslininkas iš Vokietijos supažindino su naujausiais informatikos tyrimų metodais švietimo srityje

Spaudoje daugėja pranešimų, pamąstymų apie informatikos mokymo atnaujinimą Lietuvos mokyklose, apie technines galimybes. skaityti »

VU mokslininkų sukurtas prietaisas gali padėti laiku pastebėti širdies ligas

Remiantis statistika, Lietuva patenka tarp tų Europos Sąjungos šalių, kuriose mirtingumas nuo širdies ir kraujagyslių ligų yra vienas didžiausių. skaityti »

Profesinis mokymas atsinaujina: mokytojai stažuosis verslo įmonėse

Švietimo ir mokslo ministerija kviečia profesinio mokymo įstaigas, darbdavių asociacijas teikti paraiškas profesijos mokytojų technologinėms kompetencijoms tobulinti. skaityti »

Stresas yra neatsiejama gyvenimo dalis, būtina pažangos ir tobulėjimo sąlyga

Sausio mėnesis studentams primena ne tik apie didžiausių metų švenčių pabaigą, bet ir egzaminų sesijos pradžią. Net ir patiems gabiausiems studentams ilgos atsiskaitymų savaitės kelia nerimą, stresą ir nuovargį. skaityti »

Ministrė J. Petrauskienė: aukštųjų mokyklų tinklo konsolidacija – prielaida kilti dėstytojų atlyginimams

Švietimo ir mokslo ministrė Jurgita Petrauskienė susitiko su Lietuvos aukštųjų mokyklų profesinių sąjungų susivienijimo (LAMPSS) atstovais. skaityti »

MRU Teisės fakultetas padės kelti advokatų ir advokatų padėjėjų kvalifikaciją

Mykolo Romerio universitetas (MRU) tapo pirmąja institucija, kurią Lietuvos advokatūra akreditavo kaip galinčią vykdyti Advokatūros pripažįstamus kvalifikacijos kėlimo mokymus advokatams bei advokatų padėjėjams. skaityti »