VU bioinformatikų sukurtiems modeliams pasaulyje nebuvo lygių

Publikuota: 2017 m. sausio 11 d. trečiadienis

VU Gyvybės mokslų centro bioinformatikai triumfavo pernai vykusiame konkurse CAPRI (angl. Critical Assessment of Predicted Interactions). Lietuvių sukurti baltymų struktūrų modeliai nurungė daugiau nei 30 komandų iš viso pasaulio modelius. Tai jau antrasis kartas, kai VU atstovai skina pergales analogiškame konkurse. Šiemet komandą sudarė dr. Justas Dapkūnas, doktorantas Klimentas Olechnovičius ir dr. Česlovas Venclovas (vadovas).

„Baltymų, jų kompleksų struktūrų analizė ir modeliavimas yra viena pagrindinių mūsų veiklos krypčių. Ankstesnio Biotechnologijos instituto Bioinformatikos skyriuje buvo sukurta keletas naujų kompiuterinių metodų, kuriuos CAPRI konkurse tikėjomės nuodugniai ištestuoti. Jo rezultatai pristatyti gruodžio 10–13 d. tarptautinėje konferencijoje Italijoje. Ši konferencija mūsų komandai tapo maloniu netikėtumu. Oficialiais CAPRI organizatorių vertinimais, mūsų komandos gauti baltymų komplekso modeliavimo rezultatai buvo geriausi. Šis tarptautinis įvertinimas suteikia papildomos motyvacijos siekti naujų mokslo aukštumų“, – džiaugiasi dr. Č. Venclovas.

VU bioinformatikai pasakoja, kad baltymai yra gyvybės pagrindas, nes dalyvauja kone visuose biologiniuose procesuose. Dauguma baltymų ląstelėje susirenka į unikalias trimates struktūras priklausomai nuo to, kokios aminorūgštys sudaro baltymą ir kokia seka jos sujungtos. Trimatė struktūra ir yra funkcinė baltymo forma: „Tačiau dauguma baltymų funkcionuoja ne kaip pavienės makromolekulės, o sąveikaudami tarpusavyje ir sudarydami laikinus ar ilgai gyvuojančius baltymų kompleksus. Norint suprasti baltymų veikimo mechanizmus, būtina žinoti, kaip baltymai sąveikauja tarpusavyje. Eksperimentais nustatyti baltymų kompleksų struktūras sudėtinga ir brangu, todėl patrauklia alternatyva tampa kompiuterinis kompleksų struktūrų modeliavimas.“

Šios alternatyvos sėkmė priklauso nuo kompiuterinių metodų efektyvumo. Jų sukuriama daug, tačiau dažnai juos sunku palyginti tarpusavyje ir išryškinti bendrus privalumus ar trūkumus. Todėl 2001 m. mokslininkų bendruomenėje kilo idėja organizuoti viso pasaulio mastu vykdomus eksperimentus-konkursus. Vienas tokių – CAPRI. Juo ir kitais panašiais konkursais siekiama objektyviai palyginti esamus metodus ir taip prisidėti prie struktūrinės bioinformatikos pažangos.

„Siekiant objektyvumo, CAPRI konkursai vyksta pagal aklą testavimą. Dalyviai turi sumodeliuoti baltymų kompleksus, kurių struktūros jau žinomos, bet dar nepaviešintos. Organizatoriai įvertina visų dalyvaujančių grupių rezultatus pagal tam tikrą metodiką, o rezultatai aptariami apibendrinančioje konferencijoje. 2016 m. vasarą CAPRI jau antrą kartą vyko kartu su kitu panašiu CASP konkursu, kurio pagrindinis tikslas – įvertinti individualių baltymų struktūrų kompiuterinius modeliavimo metodus“, – paaiškina VU komandos vadovas.

Šaltinis: vu.lt
Kopijuoti, platinti, skelbti bet kokią portalo penki.lt informaciją be raštiško redakcijos sutikimo draudžiama.

facebook komentarai

Naujas komentaras

     

 


Captcha
 

Kokios savybės padės neužleisti vietos robotui?

Retas įsivaizduojame savo darbo dieną be kompiuterio ar išmanaus telefono, tačiau ateityje technologijų įtaka didės dar labiau. skaityti »

Lietuvos vaikų finansinis raštingumas žemas

Nors finansinis raštingumas padeda užtikrinti sėkmingą ekonominį gyvenimą, tyrimų rezultatai rodo, jog Lietuvoje vaikų ir paauglių iki 15 m. finansinio raštingumo lygis yra gerokai žemesnis nei kitose šalyse. skaityti »

Gabiems magistrantams iš užsienio – parama studijoms Lietuvoje

Siekiant didinti studijų tarptautiškumą ir pritraukti į Lietuvą studijuoti gabius jaunuolius iš užsienio, valstybė skiria paramą užsieniečių magistrantūros studijoms. skaityti »

Dilema nerandantiems darbo: laukti, kol pasikeis rinka, ar persikvalifikuoti?

Nors šių metų rugpjūčio 1 d. Lietuvos darbo biržoje buvo registruota 134,1 tūkst. darbo ieškančių žmonių, nesutampa darbdavių ir darbuotojų lūkesčiai dėl darbo pobūdžio. skaityti »

Rugsėjo stresas: kaip apsaugoti pirmokus ir abiturientus?

Pasak sveikatos specialistų, ruduo kai kuriems moksleiviams, ypač pradinukams ir gimnazistams, sukelia nervinę įtampą, o sergančių jaunuolių skaičiai šokteli kelis kartus. skaityti »

Geriausiems Lietuvos studentams – vardinės LR prezidentų stipendijos

Švietimo ir mokslo ministrė Jurgita Petrauskienė pasirašė įsakymą dėl prezidentų stipendijų 2017–2018 studijų metams skyrimo. skaityti »

Beveik pusė Lietuvos tėvų už vaikų lavinimą planuoja mokėti pinigus

Lietuvos tėvai vis daugiau dėmesio ir finansų skiria vaikų lavinimui bei ugdymui. skaityti »

Jaunieji geografai tarptautinėje olimpiadoje pasipuošė visų spalvų medaliais

Lietuvos jaunųjų geografų komanda iš Serbijoje vykusios tarptautinės geografijos olimpiados grįžo su visų spalvų medaliais. Lietuvos atstovai iškovojo vieną aukso, du sidabro ir vieną bronzos medalius. Tai geriausias Lietuvos komandos pasiekimas per visą geografijos olimpiadų istoriją. skaityti »

Skiriant valstybės finansavimą moksliniams tyrimams – orientacija į kokybę

Finansuojant mokslinius tyrimus ypatingas dėmesys bus skiriamas kokybei. 60 proc. lėšų moksliniams tyrimams bus skiriama pagal kokybinius parametrus, 40 proc. lėšų – pagal kiekybinius rodiklius. skaityti »

Į pagalbą mokytojams: parengtos rekomendacijos, padėsiančios atpažinti smurtą patyrusius vaikus ir jiems padėti

Mokytojai ir kiti mokyklos darbuotojai gali greičiausiai pastebėti skriaudžiamą vaiką ir jam padėti. skaityti »