VU bioinformatikų sukurtiems modeliams pasaulyje nebuvo lygių

Publikuota: 2017 m. sausio 11 d. trečiadienis

VU Gyvybės mokslų centro bioinformatikai triumfavo pernai vykusiame konkurse CAPRI (angl. Critical Assessment of Predicted Interactions). Lietuvių sukurti baltymų struktūrų modeliai nurungė daugiau nei 30 komandų iš viso pasaulio modelius. Tai jau antrasis kartas, kai VU atstovai skina pergales analogiškame konkurse. Šiemet komandą sudarė dr. Justas Dapkūnas, doktorantas Klimentas Olechnovičius ir dr. Česlovas Venclovas (vadovas).

„Baltymų, jų kompleksų struktūrų analizė ir modeliavimas yra viena pagrindinių mūsų veiklos krypčių. Ankstesnio Biotechnologijos instituto Bioinformatikos skyriuje buvo sukurta keletas naujų kompiuterinių metodų, kuriuos CAPRI konkurse tikėjomės nuodugniai ištestuoti. Jo rezultatai pristatyti gruodžio 10–13 d. tarptautinėje konferencijoje Italijoje. Ši konferencija mūsų komandai tapo maloniu netikėtumu. Oficialiais CAPRI organizatorių vertinimais, mūsų komandos gauti baltymų komplekso modeliavimo rezultatai buvo geriausi. Šis tarptautinis įvertinimas suteikia papildomos motyvacijos siekti naujų mokslo aukštumų“, – džiaugiasi dr. Č. Venclovas.

VU bioinformatikai pasakoja, kad baltymai yra gyvybės pagrindas, nes dalyvauja kone visuose biologiniuose procesuose. Dauguma baltymų ląstelėje susirenka į unikalias trimates struktūras priklausomai nuo to, kokios aminorūgštys sudaro baltymą ir kokia seka jos sujungtos. Trimatė struktūra ir yra funkcinė baltymo forma: „Tačiau dauguma baltymų funkcionuoja ne kaip pavienės makromolekulės, o sąveikaudami tarpusavyje ir sudarydami laikinus ar ilgai gyvuojančius baltymų kompleksus. Norint suprasti baltymų veikimo mechanizmus, būtina žinoti, kaip baltymai sąveikauja tarpusavyje. Eksperimentais nustatyti baltymų kompleksų struktūras sudėtinga ir brangu, todėl patrauklia alternatyva tampa kompiuterinis kompleksų struktūrų modeliavimas.“

Šios alternatyvos sėkmė priklauso nuo kompiuterinių metodų efektyvumo. Jų sukuriama daug, tačiau dažnai juos sunku palyginti tarpusavyje ir išryškinti bendrus privalumus ar trūkumus. Todėl 2001 m. mokslininkų bendruomenėje kilo idėja organizuoti viso pasaulio mastu vykdomus eksperimentus-konkursus. Vienas tokių – CAPRI. Juo ir kitais panašiais konkursais siekiama objektyviai palyginti esamus metodus ir taip prisidėti prie struktūrinės bioinformatikos pažangos.

„Siekiant objektyvumo, CAPRI konkursai vyksta pagal aklą testavimą. Dalyviai turi sumodeliuoti baltymų kompleksus, kurių struktūros jau žinomos, bet dar nepaviešintos. Organizatoriai įvertina visų dalyvaujančių grupių rezultatus pagal tam tikrą metodiką, o rezultatai aptariami apibendrinančioje konferencijoje. 2016 m. vasarą CAPRI jau antrą kartą vyko kartu su kitu panašiu CASP konkursu, kurio pagrindinis tikslas – įvertinti individualių baltymų struktūrų kompiuterinius modeliavimo metodus“, – paaiškina VU komandos vadovas.

Šaltinis: vu.lt
Kopijuoti, platinti, skelbti bet kokią portalo penki.lt informaciją be raštiško redakcijos sutikimo draudžiama.

facebook komentarai

Naujas komentaras

     

 


Captcha
 

Jaunimo susidomėjimas šalies aukštosiomis mokyklomis nemažėja

Stojančiųjų susidomėjimas Lietuvos aukštosiomis mokyklomis nemažėja. Kaip ir pernai, į universitetus ir kolegijas pretenduoja 68 proc. brandos atestatus turinčių bendrojo ugdymo mokyklų abiturientų. skaityti »

Trečdalis stojančiųjų į universitetus renkasi Vilniaus universitetą

5 230 visų stojančiųjų į Lietuvos universitetus pirmuoju prioritetu pageidavo studijuoti geriausiai tarptautiniuose reitinguose tarp Lietuvos aukštųjų mokyklų vertinamame Vilniaus universitete. skaityti »

„Baltoji žynė“ – įtraukianti maginė fantastika net ir tiems, kurie nemėgsta fantastikos

Australų kilmės rašytoją Trudi Canavan nuo pat mažumės domino senovės mitologija ir jos pritaikymas fantastikos pasaulyje. skaityti »

Švietimo ministrė: Lietuva turi visas sąlygas tapti informacinių technologijų centru

Europos komisijos teigimu, net 40% darbdavių Europoje neranda darbuotojų, kurių įgūdžiai įmonei leistų atsinaujinti ir sparčiai judėti į priekį. skaityti »

JTO dirbanti lietuvė: „Didžioji mano darbo dalis – įtikinti kitus, kad viskas yra įmanoma“

„Nelaikau savęs emigrante“, – šypsosi Ieva Lazarevičiūtė, jau 11 metų gyvenanti Brazilijoje. skaityti »

6 gyvenimo pamokos, kurių išmokstama po paskaitų

Nors gyvenimo aprašyme skiltis „kita veikla“ yra paskutinė ir atrodo nereikšminga, būtent ji suteikia darbdaviui informacijos apie tai, koks žmogus siekia prisijungti prie komandos. Neretai būtent šios, asmeninės savybės, nulemia sprendimą – atsivers ar užsitrenks svajonių karjeros durys. skaityti »

Stereotipai lūžta: programavimas – moterims vis patrauklesnė sritis

Tik ~30 proc. visų IT srityje dirbančių specialistų pasaulyje yra moterys. skaityti »

Kokių specialistų reikės ateities mados versle?

Mados verslas neatpažįstamai keičiasi, todėl keičiasi ir reikalavimai čia dirbantiems specialistams. skaityti »

Lietuvos inovacijų progresui skatinti – 2,5 mln. eurų

Inovatyvios įmonės, bendradarbiaujančios ar norinčios bendradarbiauti su mokslininkais, vėl gali teikti paraiškas gauti inovacinių čekių. skaityti »

Mokyklose siūloma išjungti skambutį

Aktorius, kuriantis praktikas mokykloje, mokytojas Paulius Tamolė sako – išjunkite mokyklose skambutį. skaityti »