VU bioinformatikų sukurtiems modeliams pasaulyje nebuvo lygių

Publikuota: 2017 m. sausio 11 d. trečiadienis

VU Gyvybės mokslų centro bioinformatikai triumfavo pernai vykusiame konkurse CAPRI (angl. Critical Assessment of Predicted Interactions). Lietuvių sukurti baltymų struktūrų modeliai nurungė daugiau nei 30 komandų iš viso pasaulio modelius. Tai jau antrasis kartas, kai VU atstovai skina pergales analogiškame konkurse. Šiemet komandą sudarė dr. Justas Dapkūnas, doktorantas Klimentas Olechnovičius ir dr. Česlovas Venclovas (vadovas).

„Baltymų, jų kompleksų struktūrų analizė ir modeliavimas yra viena pagrindinių mūsų veiklos krypčių. Ankstesnio Biotechnologijos instituto Bioinformatikos skyriuje buvo sukurta keletas naujų kompiuterinių metodų, kuriuos CAPRI konkurse tikėjomės nuodugniai ištestuoti. Jo rezultatai pristatyti gruodžio 10–13 d. tarptautinėje konferencijoje Italijoje. Ši konferencija mūsų komandai tapo maloniu netikėtumu. Oficialiais CAPRI organizatorių vertinimais, mūsų komandos gauti baltymų komplekso modeliavimo rezultatai buvo geriausi. Šis tarptautinis įvertinimas suteikia papildomos motyvacijos siekti naujų mokslo aukštumų“, – džiaugiasi dr. Č. Venclovas.

VU bioinformatikai pasakoja, kad baltymai yra gyvybės pagrindas, nes dalyvauja kone visuose biologiniuose procesuose. Dauguma baltymų ląstelėje susirenka į unikalias trimates struktūras priklausomai nuo to, kokios aminorūgštys sudaro baltymą ir kokia seka jos sujungtos. Trimatė struktūra ir yra funkcinė baltymo forma: „Tačiau dauguma baltymų funkcionuoja ne kaip pavienės makromolekulės, o sąveikaudami tarpusavyje ir sudarydami laikinus ar ilgai gyvuojančius baltymų kompleksus. Norint suprasti baltymų veikimo mechanizmus, būtina žinoti, kaip baltymai sąveikauja tarpusavyje. Eksperimentais nustatyti baltymų kompleksų struktūras sudėtinga ir brangu, todėl patrauklia alternatyva tampa kompiuterinis kompleksų struktūrų modeliavimas.“

Šios alternatyvos sėkmė priklauso nuo kompiuterinių metodų efektyvumo. Jų sukuriama daug, tačiau dažnai juos sunku palyginti tarpusavyje ir išryškinti bendrus privalumus ar trūkumus. Todėl 2001 m. mokslininkų bendruomenėje kilo idėja organizuoti viso pasaulio mastu vykdomus eksperimentus-konkursus. Vienas tokių – CAPRI. Juo ir kitais panašiais konkursais siekiama objektyviai palyginti esamus metodus ir taip prisidėti prie struktūrinės bioinformatikos pažangos.

„Siekiant objektyvumo, CAPRI konkursai vyksta pagal aklą testavimą. Dalyviai turi sumodeliuoti baltymų kompleksus, kurių struktūros jau žinomos, bet dar nepaviešintos. Organizatoriai įvertina visų dalyvaujančių grupių rezultatus pagal tam tikrą metodiką, o rezultatai aptariami apibendrinančioje konferencijoje. 2016 m. vasarą CAPRI jau antrą kartą vyko kartu su kitu panašiu CASP konkursu, kurio pagrindinis tikslas – įvertinti individualių baltymų struktūrų kompiuterinius modeliavimo metodus“, – paaiškina VU komandos vadovas.

Šaltinis: vu.lt
Kopijuoti, platinti, skelbti bet kokią portalo penki.lt informaciją be raštiško redakcijos sutikimo draudžiama.

facebook komentarai

Naujas komentaras

   

 


Captcha
 

susiję straipsniai

Tyrimas atskleidė, kaip pedagogai žada sudominti šiuolaikinį mokinį

Skaitmeninės technologijos skinasi kelią į mokyklas ir gali atverti daugiau galimybių tiek mokiniams, tiek mokytojams, rodo bendrovės „Samsung“ vykdyta mokytojų apklausa Vokietijoje. skaityti »

VDU bus įkurtas pirmasis Lietuvoje Kūrybinių ir kultūrinių inovacijų kompetencijos centras

Bendradarbiaujant su italų mokslininkais ir sekant Australijos, D. Britanijos ir kitų šalių pavyzdžiu, Lietuvoje bus steigiamas pirmasis Kūrybinių ir kultūrinių inovacijų kompetencijos centras – Vytauto Didžiojo universitetas (VDU) laimėjo šio centro kūrimui skirtą Europos Komisijos (EK) remiamą projektą, finansuojamą pagal Europos tyrimų ir inovacijų programą „Horizon 2020“. skaityti »

VU profesorius – pirmasis Lietuvos mokslininkas, gavęs prestižinę Europos mokslo tarybos dotaciją

Vilniaus universiteto (VU) Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos instituto profesoriui Sauliui Klimašauskui paskirta prestižinė, 2,5 mln. eurų siekianti Europos mokslo tarybos (EMT) dotacija patyrusiems mokslininkams (angl. European Research Council Advanced Grant). skaityti »

Vilniaus universitete gimsta tradicija teikti Atminties diplomus

„Grįžtanti atmintis – Recovering Memory“. Taip pavadintas Vilniaus universiteto (VU) projektas, kuriuo siekiama prisiminti ir pagerbti tuos bendruomenės narius, studentus ir darbuotojus, kurie dėl permainingos Lietuvos istorijos, totalitarinių režimų ar vietos žmonių kolaboravimo buvo pašalinti iš universiteto, neteko galimybės baigti studijas, įgyti išsilavinimą, tęsti mokslinius tyrimus, pedagoginę ar kitą su universitetu susijusią veiklą. skaityti »

Tautinių mažumų departamentas skelbia baigiamųjų mokslo darbų konkursą

Tautinių mažumų departamentas prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės skelbia baigiamųjų mokslo darbų Lietuvos tautinių mažumų tematika konkursą. skaityti »

Kiekvienoje Vilniaus mokykloje – atviros mikrokompiuterių erdvės

Kovo 20 d. sostinės savivaldybės Jaunimo informacijos centre „Genio“ progimnazijos penktokai mikrokompiuteriais matavo patalpos temperatūrą, kūrė šviesoforo algoritmą ir eksperimentavo. skaityti »

Ateitis priklausys miestuose gyvenantiems kūrybingiems žmonėms

Pasak R. Dargio, į darbo rinką jau ateina naujos kartos darbuotojai, kurių prioritetai skiriasi nuo rinkos senbuvių. skaityti »

Skelbiamas 2017 metų Kalbos premijos konkursas

Seimo Lituanistikos tradicijų ir paveldo įprasminimo komisija, vadovaudamasi 2016 m. gruodžio 22 d. Seimo nutarimu Nr. XI-186, skelbia 2017 metų Kalbos premijos konkursą. skaityti »

Švietimo ir mokslo komitetas nagrinėjo tarptautinių švietimo tyrimų rezultatus

Švietimo ir mokslo komitetas kovo 15 d. posėdyje išklausė Švietimo ir mokslo ministerijos pranešimą apie 2015 metų tarptautinių švietimo tyrimų – Ekonominio bendradarbiavimo ir plėtros organizacijos PISA ir Švietimo pasiekimų vertinimo tarptautinės asociacijos TIMSS rezultatus. skaityti »

Ar buhalteriai išnyks kaip dinozaurai?

Sparčiai vystantis technologijoms, vis dažniau viešojoje erdvėje pasigirsta nuogąstavimų, kad buhalteriai yra viena iš tų profesijų, kurios poreikis artimiausiu dešimtmečiu smarkiai sumažės. skaityti »